2000年9月の三田ー白金高輪間延長開業、営団南北線・東急目黒線との相互直通運転開始に備えて、1999年6月から2000年8月にかけて6300形三次車144両（6両編成24本）を増備した。相互直通運転開始とともにワンマン運転を行うため、ATC/Oやホーム監視装置を新製当初から装備した。スカート形状が変更されているのが特徴である。
また製作費の低減のため、車端部クロスシートの廃止や床敷物・カーテンの単色化、ドア内張の化粧板廃止などを行っている。
三次車の導入により、三田線開業以来の6000形は全車廃止となった。その中には秩父鉄道、熊本電気鉄道、インドネシアに転用され、現在も活躍している車両がある。
【撮影：佐野次郎 2009.10.18奥沢ー大岡山間】