東京都交通局では、2000年9月に三田線の三田ー白金高輪間を延長し、営団（当時）南北線・東京目黒線との相互直通運転を開始するにあたって、ワンマン運転に新製当初から対応した6300形3次車144両（6両編成24本）を導入しました。
車体は基本的に1・2次車と共通ですが、スカート形状を変更しています。客室内は低コスト化を目的として、クロスシートの廃止。床敷物・カーテンの単色化、袖仕切りの簡易形状化、側扉内張の化粧板廃止などが行われました。
制御装置はIGBT-VVVFインバータ制御のTINV-6A、主電動機は出力180kWのTIM-6A、補助電源装置はIGBT-SIVのTSIV-6Aです。台車はT-6A/T-6B、冷房装置は42.000kcal/hの能力を持つTCL6Cを装備しています。
写真の6332編成は1999年12月に近畿車両で完成したものです。2023年3月の東急新横浜線の開業により、6300形も新横浜まで乗り入れるようになりました。東急東横線でも田園調布ー日吉間の目黒線との複々線での並行区間では頻繁にみられる形式ですが、30年ほど前には想像のできなかった光景です。