3000形の車体は軽量ステンレス製ですが、2次車から通勤・近郊電車の標準仕様ガイドラインに準じて設計され、側扉は1.300mmとなり、戸袋窓も廃止しています。腰掛も片持式となり、LCD2台による車内案内装置も装備しています。
3次車から列車情報管理システムTIOSを搭載し、ブレーキや冷房装置も制御できるようになりました。制御装置はIPM-VVVFインバータ制御で、標準仕様化がさらに進められ機器構成の見直しを行い、主電動機の出力も190kWに強化されています。
写真の3653Fは2004年3月に日本車両で完成したもので、3000形の3次車に相当します。8両編成は3次車で初めての投入となり、4M4Tとなっています。併結運転を行わないために先頭車の電気連結器やTIOSの読換装置の装備はありません。また8両編成の一部は中間車2両を増備して10両固定編成になっております。