小田急3000形は2002年度の2次車から「通勤・近郊型電車の標準仕様ガイドライン」に則り、仕様を変更しております。JR東日本のE231系や、東急5000系などに近い仕様になったといってもよいでしょう。
側面の配置が一新され、出入口の寸法も一般的なものとなり戸袋窓も廃止されました。室内の色調には変化がありませんが、座席は方持式となっています。
主電動機、制御装置、ブレーキ装置は1次車と変化はありませんが、さらに3次車からはTIOSという情報管理システムを導入して、配線の大幅な削減を行っています。
写真の3658Fは2005年6月に川崎重工で完成したもので、3000形の5次車に相当します。8両編成で各駅停車を中心に運用されています。