ところが、りんかい線で使用されていた70-000系のうち、10両編成化で余った車両をJR東日本が購入して209系に編入改造の上3100番代として川越・八高線に投入することになったため、モーター付きの車両が2両不足することになりました。
そこで武蔵野線用のM61編成を5000番代に改造して、モーター付き車両2両をモーターなし車両に差し替えることで需給を調整することになりました。
2005年12月に東京総合車両センターで改造工事を受け、M35編成となりました。5000番代への改造により、京葉線からの209系500番代転用による置換え対象からも外れます。