2003年度から2004年度にかけて小田急電鉄3000形の3次車では標準仕様化をより進めるための設計変更が行われ、機器・編成構成などの見直しが行われました。側面全体をスカートを覆って防音効果確認試験を行っていた3263Fも3次車に含まれています。
6両編成で2次車までの4M2Tから3M3Tに変更されました。ただし1・2次車のM₂・M₄の小田原寄り台車は主電動機を装荷していませんので、台車単位でのMT比は変わりません。主電動機をパワーアップする一方で、センサレス化などにより静音化を図っています。
列車情報管理システムであるTIOSを導入し、配線を削減する一方で従来のモニタから機能を大幅に拡張し編成単位でのブレーキ制御や冷房制御など多岐に渡って活用しています。またTIOS読替装置を備えているためTIOSを装備しない他系列との併結運転も可能です。
写真の3265Fは2004年4月に日本車両で完成したもので、3000形の3次車に相当します。10両編成を組む際には他系列の4両固定編成を新宿方に併結しますので、2段式の電気連結器を装備しています。