2次車以降では「通勤・近郊電車の標準仕様ガイドライン」に準拠した車体レイアウトになりました。そのため、1次車にはあった戸袋窓はなくなりました。車内については腰掛が片持ち式となり、袖仕切りの形状も変更されました。近年では通勤電車の袖仕切りは着席者と立席者の干渉を防ぐため大型化傾向です。
制御装置はIPM-VVVFインバータ制御、補助電源装置はIGBT-SIVです。制動方式は電気指令式電空併用制動で、他形式との併結のためブレーキ読み換え装置を備えています。そのため8000形と組んで10両編成を組む姿も見られます。
写真の3259Fは2003年4月に川崎重工で完成したもので、3000形の2次車に相当します。2次車としては後期に製造されたグループに属し、冷房装置の能力を50.000kcal/h、補助電源装置の出力を140KVAに増強しています。